Το Μουσείο συνεργάζεται με φορείς που ενδιαφέρονται για την παιδική τέχνη συμμετέχοντας και οργανώνοντας εκθέσεις διεθνώς.

δείτε το Video με τη συνεργασία των 2 Μουσείων Παιδικής Τέχνης

1996. Διεθνής Πινακοθήκη Παιδικής Τέχνης, Λονδίνο, «Οι τέσσερις εποχές»

Συνεργασία με το Youth Art Connection, International Paint Pals, Aτλάντα Η.Π.Α. 
(συμμετοχή του Μουσείου στις παρακάτω εκθέσεις)

1997. Μέγαρο Ηνωμένων Εθνών, Νέα Υόρκη, «Εικόνες της πόλης μου»
1998, 1999, 2001. Μέγαρο Ηνωμένων Εθνών, Νέα Υόρκη, «Ανθρώπινα δικαιώματα»
2000. Μέγαρο Ηνωμένων Εθνών, Νέα Υόρκη, «Φυλετικές διακρίσεις» 

2002. Μουσείο Φινλανδίας και Μουσείο Ελσίνκι, “The Modern Olympic Games Era” 
(συμμετοχή του Μουσείου στην έκθεση)

2005-2012. Μουσείο Παιδικής Τέχνης, Χαμάντα, Ιαπωνία. «Διεθνείς Εκθέσεις Παιδικής Τέχνης» 
(συμμετοχή του Μουσείου στις εκθέσεις)

2006. ΤΑΤΕ Modern, Λονδίνο «Μέσα Έξω-Κρύβω και Αποκαλύπτω», 2007. «Όνειρα και πραγματικότητα», 2008. «Ομορφιά και διαφορετικότητα», 2009. «Χώρος & Τόπος». (Συνεργασία του Μουσείου Ελληνικής Παιδικής Τέχνης με την ΤΑΤΕ Modern, στο Διεθνές Σχολικό Πρόγραμμα Τέχνης της Unilever. Συμμετοχή του Μουσείου στις εκθέσεις)