​Το Μουσείο Ελληνικής Παιδικής Τέχνης ιδρύθηκε το 1994 από το Σωματείο Φίλων του ως κοινωφελές, μη κερδοσκοπικό Σωματείο, Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου που επιδιώκει πολιτιστικούς σκοπούς. 

Είναι αναγνωρισμένο από τα Υπουργεία Πολιτισμού και Αθλητισμού και Υπουργείο Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων και συμμετέχει στο Δίκτυο Μουσείων και Πολιτιστικών Φορέων του Ιστορικού Κέντρου Αθηνών (www.athensmuseums.net). 

Η πρωτοβουλία της ίδρυσής του βασίστηκε:

- Στη διαρκώς αυξανόμενη συμμετοχή παιδιών στον ετήσιο Πανελλήνιο Διαγωνισμό Παιδικής Ζωγραφικής (Π.Δ.Π.Ζ.) που διοργάνωσε το Μουσείο Μηλεών Πηλίου από το 1987 και μέχρι την ίδρυση του Μουσείου Ελληνικής Παιδικής Τέχνης το 1994.

- Στην αμέριστη στήριξη της παιδικής τέχνης με την παροχή φιλοξενίας από το διεθνούς κύρους Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης των εκθέσεων με τα βραβευμένα έργα των Πανελλήνιων Διαγωνισμών από το 1991.

- Στην απήχηση των εκθέσεων που οργάνωσε το Μουσείο Μηλεών Πηλίου και το Σωματείο Φίλων του στο εξωτερικό και συγκεκριμένα στο Διεθνές Μουσείο Παιδικής Τέχνης της Νορβηγίας στο Όσλο το 1992, στο Παιδικό Μουσείο της Νέας Υόρκης και στη Γκαλερί Παιδικής Τέχνης Mayfair στο Λονδίνο την επόμενη χρονιά.