Βασικός σκοπός του Μουσείου είναι η ανάδειξη της αξίας και μοναδικότητας της παιδικής τέχνης

και ειδικότερα:

• η διαφύλαξη, μελέτη και προβολή της παιδικής τέχνης

• η αισθητική καλλιέργεια των παιδιών και η ανάπτυξη της δημιουργικότητάς τους 

• η οργάνωση εκπαιδευτικών και εικαστικών δραστηριοτήτων

• η οργάνωση Διαγωνισμών Παιδικής Ζωγραφικής

• η ανανέωση εκθέσεων παιδικής τέχνης στο χώρο του

• η ανταλλαγή εκθέσεων με Μουσεία, Ιδρύματα, καλλιτεχνικά εργαστήρια και αντίστοιχους φορείς στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.